Das Europäische Zentrum für Cyberkriminalität wurde am 11. Januar 2013 im Zuge der zunehmenden Digitalisierung und damit einhergehenden Computerkriminalität gegründet. Für die kommenden Jahre ist eine Personalaufstockung von 30 auf 50 geplant. Der Sitz des EC3 ist in der niederländischen Stadt Den Haag. Dem Wortlaut nach ist das Europäische Zentrum für Cyberkriminalität eine nur innerhalb der EU agierende Abteilung. In Wahrheit kooperiert das EC3 neben den 27 EU-Mitgliedsstaaten noch mit folgenden Staaten: Australien, Kanada, Republik Mazedonien, Norwegen, Schweiz, Monaco, Bosnien und Herzegowina, Kolumbien, Moldawien, Russland, Türkei, Republik Serbien, Montenegro, Ukraine sowie USA. Insbesondere zwischen den USA findet auch ein Austausch personenbezogener Daten statt.
Außer den mit einbezogenen Staaten kooperiert das Europäische Zentrum für Cyberkriminalität auch mit diversen internationalen Institutionen. Dazu zählen: das EU Intelligence Centre, Büro der Vereinten Nationen für Drogen- und Verbrechensbekämpfung (UNDCP), die Weltzollorganisation(WCO), Frontex und das Europäisches Amt für Betrugsbekämpfung (OLAF).